Το Σκακιστικό Τμήμα του Κύδωνα, δημιουργήθηκε το 1982, και έχει σημειώσει πολλές και σημαντικές επιτυχίες σε ομαδικό και ατομικό επίπεδο. Είναι ο σύλλογος που έχει προσφέρει στον χανιώτικο αθλητισμό, συμπεριλαμβανομένων όλων των αθλημάτων, τις περισσότερες και μεγαλύτερες διακρίσεις, οι οποίες τον έχουν κατατάξει σε έναν από τους μεγαλύτερους συλλόγους σκακιού της Ελλάδος.